Die Staatsanwaltschaft von Catania stellte fest, dass in 44 Fällen 24 Tonnen Abfall, der Infektionen hätte auslösen könne, illegal in Italien entsorgt worden sei. Der Müll sei zwischen Jänner 2017 und Mai 2018 von der "Aquarius" sowie von dem Schiff "Vos Prudence" transportiert worden. Gegen einige MSF-Mitglieder wurden daher Ermittlungen aufgenommen. Die "Aquarius", die gemeinsam von Ärzte ohne Grenzen und "SOS Mediterranee" betrieben wird, befindet sich derzeit im Hafen von Marseille.
Laut dem Vorwurf entsorgte das Personal des Schiffes Unrat in italienischen Häfen als harmlosen Müll, obwohl es sich wegen der Gefahr von Infektionen um gefährlichen Unrat handelte. Das Personal habe auch Dokumente erstellt, aus denen hervorging, dass es sich um nicht gefährlichen Müll handle. Dabei ging es vor allem um Kleidung, die von Migranten getragen wurde. Die Nichtregierungsorganisation habe sich damit 460.000 Euro erspart, die die legale Entsorgung des gefährlichen Mülls gekostet hätte. Die 460.000 Euro sollen von Konten der NGO beschlagnahmt werden, beschlossen die Justizbehörden.
Der italienische Innenminister Matteo Salvini, der NGO-Schiffen den Zugang zu Italiens Häfen gesperrt hatte, begrüßte die angeordnete Beschlagnahmung der "Aquarius" "Wir haben gut getan, die NGO-Schiffe zu stoppen. Wir haben nicht nur den illegalen Menschenhandel, sondern auch Müllhandel gestoppt", so Salvini. Der Chef der rechten Lega verfolgt seit Antritt der neuen Regierung in Rom im Juni eine Null-Toleranz-Politik gegen Migranten, die mit Booten versuchen, illegal Italiens Küsten zu erreichen.