Gruner wurde am 1. Jänner 1945 in Sachsen geboren. Aufgewachsen in Berlin und Frankfurt am Main, begann er 1963 ein Schauspielstudium in Frankfurt. 1965 erhielt er ein Engagement als Schauspieler am Staatstheater Darmstadt. 1968 wechselte er an das Theater am Turm in Frankfurt und wirkte unter anderem bei der Uraufführung von Peter Handkes "Publikumsbeschimpfung" unter der Regie von Claus Peymann mit. Ab 1969 war er als Schauspieler am Düsseldorfer Schauspielhaus unter dem Intendanten Karl-Heinz Stroux beschäftigt. Nach mehreren Karrierestationen u.a. am Theater am Turm, am Staatstheater Darmstadt und am Düsseldorfer Schauspielhaus wurde er 1989 Oberspielleiter am Staatstheater Stuttgart. Von 1999 bis 2010 war Michael Gruner Schauspieldirektor am Schauspiel Dortmund.
Als Gastregisseur war er neben Berlin, Weimar, Bonn und München in Österreich u.a. am Burgtheater, Volkstheater und zuletzt vor allem am Theater Nestroyhof Hamakom tätig. Dort inszenierte er "Die Banalität der Liebe" von Savyon Liebrecht, "Ich und Ich" von Else Lasker-Schüler, "Sonia Mushkat" von Savyon Liebrecht und "Flucht" von Sara von Schwarze. 2016 war er als "Dunkelstein" in der gleichnamigen Produktion. 2017 spielte er in "Man sage nicht, es wäre der Mühe nicht wert gewesen". Im Jahr 2020 inszenierte er "Herbst der Untertanen" von Nino Haratischwili. Pandemiebedingt musste die Aufführung mehrmals verschoben werden. Das Stück wird nun ab 18. Jänner 2022 zu sehen sein.
"Seine Inszenierungen waren herausfordernd, hochintelligent, geprägt von tiefer Menschlichkeit und formaler Genialität", würdigte Nestroyhof-Leiterin Ingrid Lang den Verstorbenen: "Wir werden Michael Gruner schmerzhaft vermissen."