Im Jahr 1998 gewann Isozaki einen internationalen Wettbewerb zur Modernisierung der Uffizien und zum Bau eines neuen Ausgangsportals. Seither streiten Befürworter und Gegner des Projekts mit einer hohen, mit der historischen Bausubstanz kontrastierenden Überdachung. Der Umbau war 2004 mit der Begründung gestoppt worden, er gefährde archäologische Funde, die sich nach neuen Erkenntnissen in der Nähe der Uffizien befinden.
Isozakis Entwurf, der Glas- und Stahlelemente vorsieht, wurde von Anfang an zu große Radikalität im Umgang mit der mittelalterlich geprägten Umgebung vorgeworfen. Bei der Realisierung dieses auf der Rückseite des Museums gelegenen Ausgangs war es bereits zu Konflikten zwischen der Stadtverwaltung und der Aufsichtsbehörde für Kulturgüter gekommen. Kulturminister Franceschini befürwortet jedoch das Projekt und beschloss, die Finanzierungen jetzt locker zu machen.
Durch zusätzliche Räume im Erdgeschoß und im ersten Stock soll die Museumsfläche von 7.000 auf 30.000 Quadratmeter erweitert werden. Ein Viertel davon wird die üblichen Serviceeinrichtungen wie Museumsshop, Buchhandlung und Cafe einnehmen. Statt der bisher rund 2.000 sollen 4.000 Kunstwerke zur Schau gestellt werden.
Der Bürgermeister von Florenz, Dario Nardella, begrüßte den Regierungsbeschluss, das Projekt zu finanzieren. "Das ist ein historischer Beschluss für Florenz, Danke Kulturminister Franceschini!", kommentierte Nardella. Auch Uffizien-Direktor Eike Schmidt ist zufrieden. Er hoffe auf eine Einweihung im Jahr 2024, sagte Schmidt im Interview mit der Mailänder Tageszeitung "Corriere della Sera" (Mittwochausgabe). "Obwohl das Projekt inzwischen schon 22 Jahre alt ist, ist es immer noch besonders aktuell", erklärte Schmidt.