In der Früh traf sie Ministerpräsident Naftali Bennett, wie ein Sprecher mitteilte. Bei den Gesprächen soll es unter anderem um das iranische Atomprogramm, die Frage eines unabhängigen Palästinenserstaates und bilaterale Themen gehen.
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Außerdem wird sie in Jerusalem zu Gesprächen mit Präsident Yitzhak Herzog und Außenminister Yair Lapid zusammenkommen - das erste Mal seit Amtsantritt von Präsident Herzog und der Vereidigung der neuen Regierung im Sommer.
Eine für Ende August geplante Reise Merkels nach Israel war wegen der dramatischen Entwicklung in Afghanistan abgesagt worden.
Merkel wird am Sonntag zudem mit dem israelischen Kabinett zusammenkommen. Die Kanzlerin wird laut Programm am Nachmittag in Anwesenheit von Bennett einen Kranz in der Holocaust-Gedenkstätte Yad Vashem in Jerusalem niederlegen.
Bei einer Zeremonie in Jerusalem soll Merkel die Ehrendoktorwürde des Technion-Israel Institute of Technology aus Haifa verliehen werden. Am Abend soll Merkel gemeinsam mit Bennett zudem Vertreter von Unternehmen treffen.
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Mitte Juni war in Israel eine neue Regierung vereidigt worden. Die Koalition wird von insgesamt acht Parteien vom rechten bis zum linken Spektrum getragen, darunter ist erstmals eine arabische Partei.
Damit ging die Ära des rechtskonservativen Langzeit-Ministerpräsidenten Benjamin Netanyahu, der seit 2009 ohne Unterbrechung im Amt gewesen war, zu Ende. Merkel trat bei der Bundestagswahl im 26. September nicht mehr an.