Bereits im August hatte die russische Justiz Ermittlungen wegen des Verdachts der Geldwäsche gegen die Anti-Korruptions-Stiftung FBK eingeleitet und deren Konten eingefroren. Im September wurden dann in 41 Städten an mehr als 200 Adressen Durchsuchungen vorgenommen.
Nawalny erklärte, die Entscheidung des Justizministeriums gehe "offensichtlich auf einen direkten Befehl" von Präsident Wladimir Putin zurück. Die FBK habe noch nie Geld aus dem Ausland erhalten, schrieb der 43-Jährige im Kurzbotschaftendienst Twitter. Eine Sprecherin erklärte dort, die Entscheidung ziele alleine darauf ab, "den Druck auf uns zu erhöhen und unsere Aktivitäten zu stoppen".
Kremlsprecher Dmitri Peskow erklärte, der Präsident habe mit der Entscheidung nichts zu tun. Es handle sich um eine "Angelegenheit des Justizministeriums".
Nawalny ist einer der prominentesten Kritiker Putins. Die Stiftung des Anwalts deckt immer wieder Fälle von Korruption und den dekadenten Lebensstil von Vertretern der russischen Elite auf. Die Verbreitung erfolgt vor allem über das Internet. Ein prominentes Beispiel sind Vorwürfe, dass Ministerpräsident Dmitri Medwedew zugleich an der Spitze eines Immobilien-Imperiums stehe. Die wurde bei YouTube von 32 Millionen Nutzern angeklickt.
Die Klassifizierung von Organisationen als "Agenten des Auslands" wurde 2012 eingeführt. Seither wurden dutzende Organisationen entsprechend eingestuft. Das hat zur Folge, dass sie sich in allen Veröffentlichungen selbst als Agenten des Auslands darstellen müssen. Betroffen sind zum Beispiel Menschenrechtsorganisationen wie Memorial, aber auch Umweltschutzorganisationen oder Amateurfotografen.
Nawalny betrachtet das Vorgehen des Kreml gegen seine Stiftung als das Ergebnis einer "Hysterie", die sich im Zusammenhang mit den Kommunalwahlen im September entwickelt habe. Nach zahlreichen Großdemonstrationen der Opposition büßten die Kreml-treuen Parteien einen Großteil ihrer Mandate ein. Nawalny verbüßte im Juli und August eine 30-tägige Haftstrafe, weil er nicht genehmigte Demonstrationen organisiert hatte.