Zudem erinnerte er an die soziale Verantwortung von Hochschulen und speziell an die Aufgabe einer jesuitisch geprägten Einrichtung, die Urteilsfähigkeit zu schulen. Gesellschaftlich Ausgegrenzte müssten einen Platz im akademischen Bildungsplan haben, forderte Franziskus. Auch sollte kein Student der Sophia-Universität einen Abschluss erwerben, ohne gelernt zu haben, wie man sich verantwortlich und frei für das entscheide, was man vor dem Gewissen als das Bessere erkannt habe. Der Papst betonte, die japanische Kultur verbinde Studium und Meditation auf besondere Weise.
Zu Beginn der Visite feierte Franziskus mit anderen Jesuiten eine Messe in der Kapelle der Universität. Anschließend frühstückte er gemeinsam im Kolleg und begrüßte alte und kranke Priester. Die mit dem Jesuitenorden verbundene Privatuniversität zählt zu den renommiertesten Bildungseinrichtungen des Landes. Gegründet wurde sie 1913 von dem aus Elberfeld stammenden deutschen Jesuiten Hermann Hoffmann (1864-1937), der die Hochschule bis zu seinem Tod leitete.
Franziskus, der selbst dem Jesuitenorden angehört, sagte im Hinblick auf die Situation heutiger Katholiken in Japan, er hoffe auf eine wachsende Wertschätzung der christlichen Minderheit. Er habe in Japan einen Wunsch nach einer "barmherzigeren Gesellschaft" gespürt, so der Papst.
Mit dem Besuch der Sophia-Universität endete der am Samstagabend begonnene Aufenthalt des Papstes in Japan sowie seine einwöchige Asien-Reise, die Franziskus auch nach Thailand führte. Von Tokio aus flog er mit einer Maschine der Fluglinie ANA nach Rom zurück. Dort wird seine Ankunft am frühen Abend (ca. 17 Uhr) erwartet.
Während seiner Japan-Visite hatte der Papst am Wochenende in Nagasaki und Hiroshima in beispielloser Schärfe den militärischen Einsatz von Kernenergie geächtet. Allein der Besitz von Atomwaffen sei "unmoralisch", sagte er. Gegenüber Japans Ministerpräsident Shinzo Abe und internationalen Diplomaten warb Franziskus für Konfliktlösungen durch Dialog und für Multilateralismus. Gespräche seien die einzige menschenwürdige Waffe, so der Papst. Weiter erinnerte er an die soziale Verantwortung Japans als Wirtschaftsmacht.
In Bezug auf die japanische Gesellschaft beklagte er Leistungsdruck und ein verbreitetes Mobbing unter Jugendlichen. Die christliche Minderheit solle zeigen, dass man das Leben auch mit seiner Unvollkommenheit annehmen könne.